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qPCR實(shí)驗(yàn)中經(jīng)常忽略的實(shí)驗(yàn)細(xì)節(jié)?你有被cue了嗎?(qpcr實(shí)驗(yàn)步驟詳細(xì))


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圖片來(lái)源: 網(wǎng)絡(luò)

實(shí)時(shí)熒光定量PCR ( qPCR )實(shí)驗(yàn)中,每一個(gè)細(xì)節(jié)都可能影響結(jié)果的準(zhǔn)確性和可靠性。然而,在忙碌的實(shí)驗(yàn)過(guò)程中,我們往往會(huì)忽略一些看似微不足道但至關(guān)重要的步驟。今天,就讓我們一起回顧那些常被cue到但又常被忽略的實(shí)驗(yàn)細(xì)節(jié)吧!

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RNA提取與質(zhì)量檢測(cè)
(1) RNA完整性:?提取后的RNA首先要檢測(cè)其完整性。瓊脂糖凝膠電泳是常用方法,觀察28S、18S及5S RNA條帶是否清晰,28S條帶強(qiáng)度是否約為18S的兩倍。 有興趣的朋友可以瀏覽《 不跑電泳就談RNA質(zhì)量好壞的,都是耍流氓! 》。 另外,使用Agilent BioAnalyzer檢測(cè)RIN值,雖成本高但更準(zhǔn)確。
(2) RNA產(chǎn)量:?使用Nanodrop等儀器準(zhǔn)確評(píng)估RNA產(chǎn)量,確保后續(xù)實(shí)驗(yàn)順利進(jìn)行,小編在這篇文章( 實(shí)驗(yàn)技能 | 第二期:常見(jiàn)核酸(RNA)提取和純化的方法 )中系統(tǒng)的介紹了RNA提取過(guò)程。
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去除基因組DNA污染
DNase處理: RNA中的基因組DNA污染可能導(dǎo)致PCR假陽(yáng)性。使用DNase處理RNA是簡(jiǎn)單有效的方法,確保逆轉(zhuǎn)錄前RNA的純凈。

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圖片來(lái)源:GenStar官網(wǎng)

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逆轉(zhuǎn)錄引物的選擇
引物類型:?根據(jù)實(shí)驗(yàn)需求選擇合適的逆轉(zhuǎn)錄引物,如oligo dT、隨機(jī)引物或基因特異性引物?;旌鲜褂胦ligo dT和隨機(jī)引物可提高逆轉(zhuǎn)錄效率。
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qPCR反應(yīng)體系配制

(1) 避免污染:?使用新的、無(wú)污染的槍頭和離心管,避免交叉污染。

(2) 試劑保存:?含有SYBR Green等熒光染料的試劑應(yīng)避光保存,防止熒光淬滅。另外,不同的qPCR儀器匹配不同的qPCR試劑,例如ABI 7500需要含Low ROX染料的qPCR試劑, ABI 7000需要含High ROX染料。詳細(xì)可瀏覽這篇文章《 一文讀懂常規(guī)PCR?多重PCR?多重qPCR?“全家桶”大合集來(lái)襲(技術(shù)支持必備) 》。
(3) 引物濃度: 優(yōu)化引物濃度,通常在0.1-0.4μM之間,起始推薦使用0.3μM/each。

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反應(yīng)條件優(yōu)化
(1) 退火溫度:?根據(jù)引物Tm值優(yōu)化退火溫度,確保特異性擴(kuò)增。

(2) Mg2?濃度: Mg2?濃度影響DNA聚合酶活性,需根據(jù)具體實(shí)驗(yàn)調(diào)整。現(xiàn)在商品化SYBR qPCR mix中的 Mg2?濃度都 是調(diào)整好的,除非有特殊需求才需要根據(jù)具體實(shí)驗(yàn)調(diào)整Mg2?濃度。

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實(shí)驗(yàn)設(shè)置與數(shù)據(jù)分析

(1) 設(shè)置陰性對(duì)照: 以PCR水替代模板設(shè)置陰性對(duì)照,排除模板污染造成的假陽(yáng)性。另外,可以通過(guò)這篇文章了解一些qPCR實(shí)驗(yàn)的名詞解釋《 qPCR實(shí)驗(yàn)中的陽(yáng)性對(duì)照,陰性對(duì)照,目標(biāo)樣本,NTC和NRT的概念 》。

(2) 閾值設(shè)置: 合理設(shè)置熒光閾值,確保Ct值準(zhǔn)確反映起始模板數(shù)量。

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(3) 標(biāo)準(zhǔn)曲線: 繪制標(biāo)準(zhǔn)曲線,確保擴(kuò)增效率在90-110%之間,相關(guān)系數(shù)R2大于0.98。
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避免非特異性擴(kuò)增

(1) 引物設(shè)計(jì):?引物設(shè)計(jì)應(yīng)避免互補(bǔ)序列,3’端避免連續(xù)三個(gè)以上的G或C。可以通過(guò)這篇文章了解引物設(shè)計(jì) 干貨 | NCBI/Oligo 7/primer 5 三種方法進(jìn)行PCR引物設(shè)計(jì)教程 》。

(2) 優(yōu)化PCR程序:?若熔解曲線出現(xiàn)雜峰,考慮將兩步法更換為三步法或重新設(shè)計(jì)引物。
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儀器校準(zhǔn)與維護(hù)
(1) 定期校準(zhǔn):?定期校準(zhǔn)qPCR儀器,確保數(shù)據(jù)準(zhǔn)確可靠。
(2) 移液器精度: 使用高精度移液器,減少加樣誤差。如何校準(zhǔn)移液器的精度可以瀏覽這篇文章 手把手教你,移液器校準(zhǔn)》 。
在qPCR實(shí)驗(yàn)中,每一個(gè)細(xì)節(jié)都至關(guān)重要。希望今天的分享能讓大家更加重視這些常被忽略的實(shí)驗(yàn)細(xì)節(jié),從而獲得更加準(zhǔn)確、可靠的實(shí)驗(yàn)結(jié)果。你,被cue到了嗎?趕緊行動(dòng)起來(lái),優(yōu)化你的qPCR實(shí)驗(yàn)吧!

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